Zaawansowane metody optymalizacji mogą przyczynić się do generowania trudnych do wykrycia błędów, jeśli kod wejściowy nie jest napisany zgodnie ze standardem. Wykrycie źródła nieprawidłowości może być trudne i zależne od wielu czynników, np. wersji kompilatora i stopnia optymalizacji. Część problemów można wyeliminować, korzystając z rozbudowanej diagnostyki, jaką oferują kompilatory.